Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато встречает своего дигимона-партнёра Гилмона, после чего они отправляются на курорт в Окинаве. Прибыв на место, они замечают, что по компьютерам Японии распространяется вирус. Такато подозревает связь этого явления с дигимонами. Вскоре появляется Минами - ещё один укротитель дигимонов. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, что заставляет Такато искать причины такого поведения.

Такато пытается выяснить природу вируса и его связь с миром дигимонов. В ходе расследования он сталкивается с различными испытаниями и опасностями. Постепенно раскрывается сеть событий, связывающих Такато, Гилмона и других дигимонов. Такато узнаёт больше о своих способностях и о мире дигимонов. Встречи с новыми персонажами и изучение прошлого помогают ему понять своё место в этой ситуации.